GeneMaths XT é provavelmente o software profissional mais completo de análise de microarrays atualmente disponível. Seu conceito avançado de camadas e subconjuntos torna possivel trabalhar com camadas diferentes para diferentes saídas de dados, como por exemplo Cy3 e Cy5, desvios padrão, valores de erros, etc., bem como subconjuntos diferentes de gens e/ou arrays. Outra característica única é o manuseio de erros em todas as ações de análise, datamining e funções estatísticas. Demais acarcterísticas incluem:
- Conceito de histórico ativo: permitindo registrar e repetir todos os passos da análise através de arquivos de histórico e templates
- Normalização confiavel dos dados para todos os tipos de arranjos
- Busca e comparação de padrões de forma interativa
- Facilidade em criar varios tipos de gráficos e plotagens
- Aprendizado não supervisionado usando clusterização transversal, particão hierárquica k-means, PCA, análise de discriminantes e Self-organizing maps (SOM)
- Aprendizado supervisionado usando redes neurais, maquinas vectoriais, k-nearest neighbor
- Análise de variança, análise multivariantes e uma ampla seleção de testes estatísticas
- Ferramentas especiais de análise para experimentos em escala de tempo
- Interação entre todas as aplicações de análise
- Interatividade com bancos de dados na Internet
- Automação e customização usando poderosa linguagem de script
- Compatibilidade com GeneChip (Affymetrix)
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