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Applied Maths lança nova versão 6.6 do programa BioNumerics
qua, 07/20/2011 - 13:02

Applied Maths acabou de lançar a nova versão 6.6 do programa BioNumerics. Esta nova versão permite realizar montagens de novo em dados de sequenciamento de nova geração (NGS). Desta forma o BioNumerics se torna um programa completo e integrado para pré-processamento e análise de dados NGS.
 
A montagem de novo no BioNumerics é baseada em duas ferramentas open source de terceiros: Velvet & Ray. Ambas as aplicações foram licenciadas de acordo com normas GPL e revisadas para compilar corretamente em sistema operacional Windows de 32 e 64 bits. Ambas as ferramentas de montagem foram complementadas com um algoritmo desenvolvido pela própria Applied Maths para o alinhamento final do contig.
 
Adicionalmente a versão 6.6 inclui varias melhorias no Power Assembler para minimizar requisitos de RAM e reduzir o tempo de cálculo. O Power Assembler permite montagem de novo de cromossomos completos num computador regular rodando com sistema operacional Windows de 64 bits e memória RAM adequada.
 
Para aumentar o ambiente amigável ao usuário da construção de pipelines pelo Power Assembler, foram introduzidos templates. Existem templates pré-definidos para os fluxos de trabalho mais comuns, desta forma facilitando a análise de NGS para usuários iniciantes. Todos os parâmetros de um template podem ser acessados e alterados mais tarde para garantir máxima flexibilidade e desempenho da ferramenta. Os templates alterados podem ser salvos e compartilhados com outros usuários.